Զոհրապի համարձակ գործունեությունը սկսում է խանգարել սուլթանական վերնախավին։ Մի բուլղար հեղափոխականի իրավունքները պաշտպանելու համար Զոհրապը դատի է տալիս թուրքական կառավարությանը, որից հետո նրա դեմ հալածանքներ են սկսվում։ Նրան հեռացնում են Պոլսից, զրկում փաստաբանությամբ զբաղվելու իրավունքից։ Զոհրապը որոշ ժամանակ ապրում է արտասահմանում։
1908 թ․ Թուրքիայում հեղաշրջում է տեղի ունենում, իշխանության են գալիս երիտթուրքերը, որոնք սկզբում ցույց էին տալիս, թե հայերի նկատմամբ բարեկամաբար են տրամադրված։ Զոհրապը վերադառնում է Պոլիս, ընտրվում Օսմանյան խորհրդարանի պատգամավոր։ Ինքը՝ Զոհրապը, շուտ է հասկանում, որ թուրքերի գործելակերպը չի փոխվել ․ 1909 թ․ նա գրում է «Հայությունը բնաջինջ ըլլալե ուրիշ ապագա չի կրնար ունենալ թուրք կառավարության մը տակ», մի ուրիշ անգամ մամուլում գրում է․ «Աղետը պիտի չուշանա, մութին մեջ պիտի սպասե․․․» ։ Բայց նաև մտածում էր, որ պետք է օգտվել իրավիճակից և համախմբվել, կրթվել, ուժեղանալ։
1909 թ․ Ադանայի կոտորածների ժամանակ պատգամավոր Զոհրապը բացառիկ արիություն է դրսևորում՝ խորհրդարանում արդարություն պահանջելով։ Երգիծաբան Երվանդ Օտյանը գրում է, որ եթե Զոհրապը չլիներ, մեղավոր կհռչակվեին կոտորածի ընթարկվածները։ Գազանությունների մեղավորները չեն պատժվում, բայց Զոհրապը հասնում է նրան, որ կառավարությունը 10․000 ոսկի է տրամադրում Ադանայի որբերին։
Մի առիթով Դանիել Վարուժանը Զոհրապի մասին ասել է. «Ներկայիս թուրք պառլամենտին մեջ մեր թանկագին Զոհրապը այն ամրակուռ հայկական պատնեշն է, որմե հայ ազգը կսպասե իր փրկութունը»:
Զոհրապը անարձագանք չէր թողնում որևէ խնդրանք։ Պոլսահայության մեջ տարածում ուներ այս թևավոր խոսքը. «Գրիգոր Զոհրապին արցունքով մոտեցողը ժպիտով կը բաժանվի անկե»:
Խորհրդարանում օրենքներ մշակելուց զատ Զոհրապը հոգ էր տանում, որ գյուղացիներին երկրագործական վարկեր տրամադրվեին, պայքարում էր, որ երաժիշտներին մրցանակներ շնորհվեին․․․ Կարճ ասած՝ անում էր ամեն ինչ՝ մարդկանց գիտակցության բարձրացման ու կեցության պայմանները շտկելու համար։
1913 թ․ Մարսել Լեար կեղծանունով Զոհրապը ֆրանսերեն հրատարակում է «Հայկական հարցը վավերագրերի լույսի ներքո» գիրքը։ Ուզում էր միջազգային հանրությանը ներկայացնել խնդրի բոլոր կողմերը, իսկ դա իրենից լավ ո՞վ կարող էր անել։