Մահարին ծնվել է 1903թ օգոստոսի 1-ին Արևմտյան Հայաստանի Վան քաղաքում։ Նախնինները՝ Մուրադխանյան տոհմանունով, Վան են գաղթել Պարսկաստանից։ Վանում նրանք ստացել են նոր ազգանուն` Աճեմյան։ Գուրգենի դաստիարակությամբ հիմնականում զբաղվել է նրա տատը՝ Յուղաբերը, որի մասին ջերմ հուշեր են պահպանվել նրա «Մանկություն» վիպակում։
Հետագա ողջ կյանքում սիրելի տատի պատկերն ուղեկցում է Գուրգեն Մահարուն: «Գիտե՞ս տատի՛կ, ես մինչև հիմա չեմ հավատում, որ դու մեռած ես. դեռ փնտրում եմ քեզ»,- գրում է նա իր հուշերում:
8 տարեկան էր Գուրգենը, երբ քեռին կուսակցական տարաձայնության պատճառով սպանում է նրա հորը։
1915թ․ գաղթի ճանապարհն է բռնում նաև Աճեմյան ընտանիքը։ Գաղթի ճանապարհին մահանում են Գուրգենի տատը, քույրը։ Գուրգենը կորցնում է մորն ու եղբայրներին, իսկ տարիներ հետո՝ գտնում։ Նա հայտնվում է Դիլիջանի, Երևանի որբանոցներում։